Misi UNLESA adalah:
1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran yang berkualitas dan berkarakter di tingkat nasional dan internasional;
2. Mendesain, menghasilkan dan meningkatkan karya-karya kreatifitas dan inovasi melalui riset dan publikasi ilmiah yang terindeks;
3. Mendesain, menghasilkan dan meningkatkan pengabdian masyarakat yang terpercaya dan mandiri;
4. Membangun sistem tata kelola kelembagaan yang transparan, kredibel dan akuntabel dengan mencirikan budaya duan lolat;
5. Melaksanakan kegiatan-kegiatan ilmiah berskala nasional dan internasional untuk pengembangan civitas akademika dan peningkatan kapasitas kelembagaan;
6. Melaksanakan dan meningkatkan hubungan kerjasama di tingkat nasional dan internasional dengan lembaga pendidikan, kemitraan, dan industri;
7. Mewujudkan lulusan yang mencirikan budaya Tanimbar, berintelektual tinggi, bernalar kritis, berkarakter, kreatif dan mandiri serta mampu bersaing di Tingkat nasional dan internasional.